İlk Osmanlı medreselerinden olan Yeşil Medrese, Sultaniye Medresesi diye de adlandırılır. 1414-1424 yılları arasında yapıldığı bilinmektedir ve mimarı Hacı İvaz Paşa’dır.
Önceleri Arkeoloji Müzesi yapıtlarının sergilendiği Yeşil Medrese, 1975 yılından itibaren Türk-İslam Eserleri Müzesi olarak hizmete girmiştir.

Plan itibariyle Anadolu Selçukluları’nın açık avlulu (eyvanlı) medreselerinin bir devamıdır. Yapı malzemesi olarak moloz ve kesme taş ile tuğla kullanılmıştır. Yıldız tonoz ile örtülü giriş eyvanından, sivri kemerli bir kapı ile avluya girilir.
Avluyu üç taraftan çeviren revaklar sivri kemerli olup, bölümlerin sondaki karşılıklı birer tanesi beşik tonoz, eyvanların önündekiler çapraz tonoz, diğerleri ise kubbeli tonoz ile örtülüdür. Revaklardaki sütun ve sütun başlıklarının bir kısmı Bizans devrine aittir.
Revakların arkasında on üç medrese odası, iki yan eyvan,  merdiven boşlukları vardır. Aynalı tonoz ile örtülü medrese odalarında birer ocak da bulunmaktadır.
Girişin karşısında bulunan ve kare bir mekan gösteren dersaneye iki taraflı merdivenle çıkılır.

Külliyenin diğer yapılarına göre medresedeki çini süsleme çok azdır. Çini süslemelerde mozaik, çini ve renkli sır teknikleri kullanılmıştır. Giriş eyvanındaki ahşap kapı üzerinde bulunan yarım beşik tonoz ve batı yan eyvanının tavanı çini kaplıdır.

Müzede 13. yüzyıldan 20. yüzyıla kadar uzanan Selçuklu, Beylik ve  Osmanlı dönemlerine ait (İznik, Kütahya) çini ve seramik eserler, ahşap, oyma ve kakma eserler, Türk maden sanatından örnekler, tombak ve diğer metal eserler ile Selçuklu ve Osmanlı sikkeleri, geleneksel Türk elişleri ve giysileri teşhir edilmektedir.

Batı yan eyvan;
12-13. yüzyıl Selçuklu sırsız seramikleri ile yine Selçuk sırlı Rakka seramikleri ve çok nadir olan minai tekniğiyle yapılmış 12. yüzyıla ait çift kulplu bir vazo bu grubun güzel örnekleridir.

Osmanlı seramik gruplarının tümünün yer aldığı seksiyonda;
İznik'te yapılmış ve Milet işi diye adlandırılan 14. yüzyıla ait kırmızı hamurlu seramikler,
15.yüzyıla ait mavi-beyaz seramiklerin en nadide örnekleri,
15.yüzyıl Haliç işi denilen küçük çiçek ve ince spiral kıvrımlarla süslü seramikler,
16.yüzyıl Şam grubu olarak adlandırılan buğulu renklerin hakim olduğu bir kadeh ve tabak,
16. ve 17. yüzyıl mercan kırmızısının görüldüğü Rodos grubu seramiklerinden tabak sürahi ve maşrapalar teşhir edilmektedir.

I. Oda

Karagöz sanatının çağımız üstatları Hayali Küçük Ali ve Hayali Osman Sözen'in yapıtları olan karagöz figürleri bu odada sergilenmektedir. Karagöz sanatında Türk halkının mizah gücü sahneye konmuş, konular daima yaşanmış cemiyet olaylarından alınmıştır.

Aynı odada tığ, şiş ve iğne kullanılarak sim, inci, tırtıl ve boncuklarla işli atlas ve kadife gibi kumaşlardan yapılmış kullanım eşyaları, nargile, tütün kutusu gibi keyif eşyaları ile gümüş köstekler ve saat örnekleri teşhir edilmektedir

II. Oda

Ahşap üzerine motifler oyularak içlerine fildişi, sedef, bağa parçaları gömme sanatı Ortaçağlardan itibaren uygulanmış, özellikle Osmanlılarda büyük bir gelişme göstermiş, 18.yüzyıldan sonra önemini kaybetmiştir. Bu odada bu sanata ait çeşitli kutular ve sehpalar teşhir edilmektedir. 

Aynı odada ahşap kapılarda kullanılan, kullanıldıkları yere göre şekil alan kapı tokmakları, çeşitli anahtar ve kilitler ile bakır, tombak ve pirinçten yapılmış alemler sergilenmiştir.
 
Dershane

Binanın tek büyük salonu olan dershanede, yazmacılık sanatından örnekler (yemeniler, kenarları sırma işli Bursa işi yağlıklar, bohçalar) ve yazma kalıpları bulunmaktadır. Kumaşın üzerine elle resmedilerek veya tahta kalıplarla basılarak desenlendirilmesine "yazma" denir. Yazmacılık ülkemizde bir halk sanatı olarak doğup gelişmiş ve en güzel örneklerini 16-17-18. yüzyıllarda İstanbul yazmaları ile vermiştir.
Müzenin zengin işleme koleksiyonunda bazı parçaların sergilendiği vitrinlerde bulunan yatak takımları, bohçalar, uçkur, kuşak, yağlık ve peşkirler Türk işleme sanatının bütün tekniklerini içermektedir.
Orta Asya'da doğan işlemecilik Türkler ile batıya geçmiştir. Türk işleme sanatının en güzel örnekleri 16.yüzyılda görülmüş, 18. yüzyıl sonuna kadar süren işlemelerin yerini 19. yüzyılda sırma ile işlenen ve "dival işi" diye adlandırılan işlemeler almıştır.
Maden sanatının bir kolu olan süs eşyaları, gümüş kakmalarla süslenmiş insan figürleri ve 12-13.yüzyıl tunç Selçuklu şamdanları, avizeler, üzeri altın, gümüş, fildişi kakmalarla süslenmiş silahlar, gülabdan ve buhurdanlar sergilenmektedir. 

III. Oda
Türk maden sanatının değişik örnekleri , gümüşten yapılmış ve çoğunluğu telkârî işlemeli olan çeşitli fincan zarfları, porselen ve lüle fincanlar bulunmaktadır.

IV. Oda

Türk maden sanatının ve Türk mutfağının zenginliklerinin birleşmesinden doğan, süsleme bakımından çok zengin madeni Türk mutfak eşyalarının bulunduğu bu odada, Osmanlı ve Timurlu Devrine ait çeşitli yemek kapları, siniler, ibrikler ile ağaç, kemik, sedef ve bağadan yapılmış kaşıklar bulunmaktadır.

Doğu Yan Eyvan

Bu eyvanda 18-19. yüzyıl Kütahya seramiklerinin yanı sıra çeşitli cam eşyalar ve kumaşlar teşhir edilmektedir.
Cam eşyalar arasında gülabdan, laledan, şekerlik, daldırma, bardak, tabak ve ibriklerin yanında üzeri kitabeli Suriye işi bir sürahi bulunmaktadır. Diğer vitrinde teşhir edilen 19.yüzyıl Beykoz işi opal iyi şamdan ve bir ibrik ile üç adet çeşm-i bülbül baston müzenin gözde eserleri arasındadır.
Aynı yerde Bursa işi kadife kumaşlar ve Yeşil türbenin kapı perdesi teşhir edilmektedir. Türk kumaşları içinde ayrı bir yeri olan Bursa kadifeleri en güzel örneklerini 16.yüzyılda vermiş, 17. yüzyılda bir duraklama devri geçirip 18.yüzyıl sonunda diğer sanat kolları gibi gerileyip bozulmuştur.

V. Oda

Dergâh eşyalarından bazı örneklerin sergilendiği bu odada dergâh şamdanları, tesbih, müzik aletleri, müttekâlar, şifa tasları ile çeşitli tarikatlara ait kavuklar bulunmaktadır.

VI. Oda

Müze el yazma kitap ve levhalar bakımından oldukça zengindir. Bu odada teşhir edilen Memlük Sultanı tarafından I. Beyazıd'a (Yıldırım) hediye edilen Kuran-ı Kerim müzenin en nadide eserlerindendir. 356 sayfadan ibaret olup, sülüs yazı ile yazılmıştır ve çok zengin tezhiplidir.
Cilt örneklerinin bulunduğu vitrinde bunların yanı sıra rahle ve gümüş cüz kapları da sergilenmektedir.
Bu odada ayrıca bir vitrin içinde yazı takımları, kalemtıraş ve makaslar ile ayrı bir vitrin çeşitli pirinç şamdan ve fenerler bulunmaktadır.

VII. Oda

Bu odada eski bir havlu tezgâhının yanı sıra sim ve ipek işli çeşitli havlu ve havlu takımları, gümüş ve sedef işli takunyalar, hamam tasları, malzeme kutusu ve fildişi taraklar teşhir edilmektedir.

Şark Odası

Belirli bir devir özelliği göstermeyen bu odada eski bir Türk odasına örnek teşkil eden bir şark odası düzenlenmiştir.

Müzenin avlusunda iki pencere vitrini içinde 19-20. yüzyıla ait Çanakkale seramikleri ile iki büyük şamdan, ayrıca daha öncede müzemize birçok eser kazandıran Fransız koleksiyoncu Joseph Soustiel tarafından hediye edilen üzerinde III. Selim'in portresi bulunan renkli kalem işi süslemeli bir sandık ve II. Mahmud'un tuğrası bulunan Edirnekâri, kabartmaları yaldızla boyalı ahşap bir beşik teşhir edilmektedir.

Sikke Seksiyonu

Sikke madeni para demektir. Türk-İslâm Eserleri Müzesi'nin zengin bir İslâmi sikke koleksiyonu bulunmaktadır. Altın, gümüş, bakır sikkelerden oluşan koleksiyonda tüm Osmanlı padişahlarına ait sikkelerin yanı sıra beylikler, Selçuk, İlhanlı, Memlük, Abbasi, Emevi, Sasani ve diğer İslâm devletlerinin sikkeleri bulunmaktadır.
Yalnız Darphane'de ve bu müzede bulunan II. Beyazıd'ın "Sultan el-Berreyn ve Hâkan el-Bahreyn el-Sultan bin sultan" ibareli altın sikkesi nadir Osmanlı sikkelerindendir.