Arkeolojik eserler ile İslâmi Devir mumyaları, 1925 yılında Sultan II. Beyazıt Külliyesi'nin bir bölümünde toplanmış 1962 yılında, Selçuklu Döneminin anıtsal eserlerinden olan 1266 tarihli Gökmedrese Camii'ne taşınmıştır.
1977 yılında bugünkü modern binasında yeniden düzenlenmiş ve tüm eserler kronolojik sıraya göre teşhir edilerek 1980'de hizmete açılmıştır.

11 ayrı medeniyete ait arkeolojik, etnografik, sikke, mühür, el yazması ve mumya olmak üzere yaklaşık 24.000 civarında eseri ile bölgenin en modern ve en zengin müzesidir.

Müzede;
Arkeolojik : 5524 adet
Etnoğrafik : 17187 adet
Etütlük: 1247 adet eser bulunmaktadır.

Alt Salon Teşhiri

Roma ve Bizans Çağı’na ait Amphoralar, Roma Dönemi’ne ait pişmiş topraktan Lahit ve Çakırmıstığın Tepesi olarak adlandırılan büyük tümülüsten çıkarılan Helenistik Dönem’e ait bronz lahit, Hellenistik ve Roma Dönemi’ne ait heykeller, Selçuklu ve Osmanlı Dönemi’nde Amasya'da inşa edilen cami, medrese ve benzeri yapıların orijinal mermer kitabeleri ile birlikte Milas, Kırşehir ve Avanos yöresi halı ve kilimleri, Alt Salonda teşhir edilmektedir.
Yine bu salonda bulunan Ahşap Eserler bölümünde Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait ahşap işçiliğin nadide örnekleri olan Bizans Dönemi Kapı Kanadı, Selçuklular Döneminde inşa edilen Gökmedrese'nin orijinal kapısı, Osmanlı Dönemi 1485 tarihli Mehmet Paşa Camii'nin orijinal kapısı, dolap kapakları ve şerbetlikler yer almaktadır.

Üst Salon
Arkeolojik Seksiyon

Tunç Çağı (M.Ö. 3500-2100), Hititler (M.Ö. 1750-1200), Urartular (M.Ö. 900-600), Frig Dönemi (M.Ö. 850-600), 1970 yılında Gümüşhacıköy İlçesi, İmirler Köyü'nde yapılan bir kazıdan çıkan buluntularla İskitler (M.Ö. 6.YY.), Hellenistik (M.Ö. 330-29) Dönem’e  ait,  çanak çömlek ve testiler, bronz hançerler, baltalar, kemik iğne bizler, ağırşaklar ve damga mühürler, sunak, pişmiş topraktan boğa başları, insan figürleri, idoller, müzenin en zengin koleksiyonunu oluşturan Roma Çağı (M.Ö. 29-M.S. 476) na ait, cam eserler, Roma Seramikleri, Masklar, Kadın Ziynet Eşyaları, Bronz Kaplar, Kandiller, Sikkeler ve Bizans Çağı (M.S. 476-1453) na ait eserler sergilenmektedir.

Hitit Tanrı Heykelciği, Hitit İmparatorluk Dönemi’ne (M.Ö. 1400-1200) ait olup bulunabilen diğer metal heykeller içerisinde en büyük boyuttaki insan heykeli olan ve arkeoloji literatüründe "Amasya Heykelciği" veya "Hitit Fırtına Tanrısı Teşup" olarak tanınan eser, dünya arkeolojisinin ünik eserlerinden biridir.

Hellenistik Döneme ait bronz bir define ve Roma İmparatoru Büyük Costantinus'un (M.S. 306-337) Döneminde İstanbul ve Antakya'da darp edilen, dokuz değişik tipteki 1134 adet bronz sikkeden oluşan define ile, Bizans Çağına ait bakır sikke definesi ve bakır Selçuklu defineleri teşhir edilmektedir. Ortaçağ Avusturya Dukalığına ait sikkelerle, İlhanlı ve Osmanlı Dönemi gümüş sikkeleri bu bölümde sergilenmektedir. .

Etnografik Eserler Seksiyonu

Tarım araç ve gereçleri, iplik eğirme ve dokuma aletleri, Osmanlı Döneminde kullanılan Mutfak Eşyaları , Kadın Ziynet Eşyaları, Sedef Sandıklar, Silahlar, Seramikler, Astronomi Aletleri, Hamam Takımları, Saatler, Lambalar, Çay, Kahve ve Sigara Takımları, Şifa Tasları, Buhardanlıklar ve Muskalar, El Yazma Kuran-ı Kerim'ler, Sancaklar sergilenmektedir.

Açık Hava Teşhiri

Müze bahçesinde Hitit, Hellenistik, Bizans, İlhanlı, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait boyutları büyük olan taş eserler teşhir edilmektedir. Doğantepe ve Esençay beldelerinden getirilen Hitit Kapı Aslanları, Hellenistik ve Roma dönemlerine ait kitabeli ve büstlü mezar stelleri, İon ve Korinth tarzında yapılmış sütun başlıkları, anıtsal yapı parçaları, Roma Dönemine ait mermer ve kireç taşından yapılmış asma dalı bezeli lahitler, Bizans Dönemine ait mezar stelleri, kabartmalı lahitler, mimari parçalar, İlhanlı, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait inşa kitabeleri, sanduka tipi başlıklı ve başlıksız mezar taşları, pişmiş toprak erzak küpleri ve Sultan II. Beyazıt Camii'ne ait 1939 depreminde yıkılan son cemaat mahallinin orijinal sütun başlıkları sergilenmektedir.

Mumyalar
Müze bahçesinde Sultan I. Mesud türbesi içerisinde altı adet İlhanlı Dönemine ait mumya teşhir edilmektedir. Mumyalar, Anadolu Nazırı Şehzade Cumudar, Amasya Emiri İşbuğa Nuyin, İzzettin Mehmet Pervane Bey, Cariyesi, erkek ve kız çocuklarına aittir. Bunlar Amasya Burmalı Minare ve Fethiye Camilerinin türbelerinden getirilmiştir.

İletişim Bilgileri:
Adres: Atatürk Cad. AMASYA
Tel:0.(358) 218 45 13
Faks: 0.(358) 218 69 57